In Half-Life schlossen Sie Bekanntschaft mit dem jungen Physiker Dr. Gordon Freeman. Gordon, der als einfacher Assistent an der Forschungseinrichtung „Black Mesa“ tätig ist, findet sich aufgrund eines gänzlich missglückten Teleportationsexperiments plötzlich inmitten eines kosmischen Krieges wieder. Fremdartige Höllenkreaturen gelangen durch eine Lücke in den Dimensionen auf die Erde und metzeln das Personal von Black Mesa nieder, bevor sie daran gehen, jegliches Leben auf der Erde auszulöschen. Eilig herbeigerufene Sicherheitskräften der Regierung versuchen, der Bedrohung durch die Aliens Einhalt zu gebieten. Unglücklicherweise macht der Tötungsrausch der Sicherheitskräfte auch nicht vor ihren Mitmenschen halt. Dank eines Schutzanzugs gelingt es Gordon, sich durch das Getümmel aus kämpfenden Aliens, Black Mesa-Personal und Soldaten bis zu der vermeintlichen Quelle des Angriffs durchzuschlagen und diese zu zerstören. Der Sieg ist jedoch nur von kurzer Dauer. Gordons Heldentaten blieben jedoch nicht unbemerkt. G-Man, ein verschlagener, interdimensionaler Bürokrat, wird auf Gordon aufmerksam. Er entführt Gordon und hält ihn weit weg von der Erde, jedes Zeitgefühls und des Bewusstseins beraubt, gefangen.

Erst zwei Jahrzehnte später erweckt G-Man Gordon wieder aus seiner künstlich auferlegten Bewusstlosigkeit, um ihn für seine teuflischen Pläne einzusetzen. Gordon kann zur Erde zurückkehren, erkennt seinen Heimatplaneten jedoch kaum wieder. Die jahrelange Besatzung der Combine hat ihre schrecklichen Spuren hinterlassen. Gordon ist nun nichts weiter als ein machtloser, identitätsloser Bürger von City 17, einer trostlosen Stadt, die sich dort befindet, wo sich einst Europa erstreckte. Bald darauf wird Gordon zusammen mit seinen Freunden Dr. Isaac Kleiner und Dr. Eli Vance von Black Mesa Anführer einer Wiederstandsbewegung, die von aufständischen Forschern von Black Mesa ins Leben gerufen wurde. Es bleibt ungeklärt, ob diese Schicksalsfügung Gordons Glück oder dem Einfluss von G-Man zu verdanken ist. Glücklicherweise gelingt es Gordon, seinen Schutzanzug wiederzuerlangen. Mit der Hilfe von Vances Tochter, Alyx, und ihrem gewaltigen Computerhund, Dog, macht Gordon sich auf eine Reise, in der er gegen Combine-Kriegsmaschinen, fremdartige Schrecknisse und menschliche Verbündete des Feindes, bestehen muss, denen die Combine ihren Willen aufgezwungen haben. Obwohl es ihm gelingt, die Widerstandsbewegung in einen offenen Krieg gegen die Unterdrücker umzuwandeln, wird Gordon doch gefasst und in einem massiven Fort, auch „Die Zitadelle“ genannt, gefangen gesetzt. Dort trifft er auf den verräterischen Vertrauensmann der Combine, Dr. Wallace Breen. Gordon kann seinen Häschern entrinnen und mit Alyx' Hilfe gelingt es ihm, den Teleportationsreaktor der Zitadelle zu zerstören und so Breens Verrat ein Ende zu setzen. Als die gewaltige Explosion, der die Zitadelle zum Opfer fällt, die Erde erbeben lässt, greift G-Man plötzlich wieder in das Geschehen ein. Nun da seine geheimnisvollen Ziele erfüllt sind, möchte er Gordon wieder in sein zeitloses Gefängnis der Bewusstlosigkeit werfen.

Als Gordon und Alyx nach der Explosion langsam wieder zu sich kommen, entdecken sie zu ihrer Erleichterung, dass sie sowohl der Reaktorexplosion als auch dem G-Man entkommen sind. Bevor sie sich jedoch fragen können, wie es dazu kam, erwacht die Zitadelle noch einmal zum Leben. Ein Selbstzerstörungsprozess wird in Gang gesetzt. Mit Alyx an seiner Seite flieht Gordon aus der Stadt, bevor die endgültige Explosion der Zitadelle City 17 in einen giftigen Krater verwandelt, der von Mutanten wimmelt.